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乳酸菌廣泛的存在自然界中,不論人類或動物腸道,或者是昆蟲,甚至土壤中,都有乳酸菌分布。早在數千年前,乳酸菌即被人類運用於製造酸酪乳、乾酪、醬油、泡菜、義大利臘腸、味噌或釀酒用的酸麵糊等,及一些對胃腸有益的發酵食品,也都是乳酸菌的相關產品。

空腹時,胃中的胃酸呈強酸性,故與其他部位相比,僅有少量細菌能夠存活,即使乳酸桿菌、鏈球菌、酵母菌等耐酸性菌,在胃液中每公克也僅有一百至一千個。當食物進入時,酸性減弱,菌數在胃液中每公克會急遽增至一萬至一億個,此時除了原有的細菌外,胃中又增加了許多由食物或唾液帶來的細菌。當胃液增加而酸性再增強時,不耐酸菌將會死去。因此,由口中送入胃內的細菌,多數無法再往腸道移動。食物經消化後,移入十二指腸,在移動過程中,因有膽汁等分泌物加入,因此菌數不會再增加。進入十二指腸的細菌主要為乳酸桿菌、鏈球菌等。

營養素的吸收主要在小腸內進行,因為有強鹼性的膽汁、胰臟液、小腸壁的分泌液等,經常呈鹼性狀態,是消化及吸收所必要的。進入小腸下部(即接近大腸部位)時,菌數開始急速增加,即使空腹,菌數亦為十二指腸的十至一千倍;主要原因是食物通過時速度變得比較緩慢,且被腸液中和、缺少強酸抑制,因而成為細菌繁殖的溫床。在此同時,小腸上部的乳酸桿菌、鏈球菌以及畸形菌、雙叉乳酸桿菌、真細菌等,亦會繼續增加。即使作用不大的盲腸,其腸內菌數也會增加。
所以真正能夠耐胃酸及耐膽鹽才是良好的乳酸菌,因乳酸菌在進入體內後必需能順利到達腸道,並附著在腸道內生長、發揮功能,以維持腸道內之清潔。

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